Изначально Би-2 не планировали снимать клип на эту композицию, но изменили своё решение после предложения о сотрудничестве, поступившего от создателей "Метро" – первого за последние два десятка лет отечественного фильма-катастрофы.

По мнению Антона Мегердичева, режиссёра кинокартины, "Молитва" очень хорошо подошла фильму по смыслу и сразу легла на смонтированный видеоряд, подчеркнув драматическую линию. Съёмки музыкального видео на песню "Молитва" прошли 15 января в клубе Stadium Live, режиссёром стал Александр Андрющенко, для которого это уже восьмой по счёту клип Би-2, а оператором – Денис Чабанко.